微生物菌劑的肥效持續(xù)時(shí)間長(zhǎng)，可以減少化肥的施用量，本身無毒無害。大量的化肥和殺蟲劑使土壤受到不同程度的污染，并產(chǎn)生一定的毒性。生長(zhǎng)在受污染土壤中的作物不僅會(huì)造成生長(zhǎng)障礙，還會(huì)對(duì)人體造成危害。消除土壤污染是環(huán)境治理的重要內(nèi)容。

鹽堿地的共性是有機(jī)質(zhì)含量低，土壤物理和化學(xué)性質(zhì)差，陰陽離子對(duì)作物生長(zhǎng)有害，土壤肥力低，作物不易促進(jìn)幼苗。鹽堿地不容易發(fā)育幼苗，施肥的一般原則是增加復(fù)合微生物肥料和生物有機(jī)肥的施用，適當(dāng)控制化肥的施用。基肥應(yīng)多施用有機(jī)質(zhì)含量高的生物有機(jī)肥，減少化肥的施用量，化肥盡量不接近種子，以免增加土壤溶液的濃度，影響發(fā)芽。根據(jù)情況進(jìn)行追肥，以避免過量。在條件允許的情況下，可以使用大量的秸稈還田，種植耐鹽堿綠色肥料，以減少鹽堿對(duì)作物的危害。

粘土地一般含有有機(jī)物，無機(jī)膠體較多，土壤肥料保護(hù)能力強(qiáng)，養(yǎng)分不易流失。然而，粘土的肥料供應(yīng)緩慢，施肥后效果緩慢。這種土壤老幼苗不是小幼苗，肥料效果緩慢而生長(zhǎng)，土壤緊，滲透性差，作物根困難。這種土壤采用復(fù)合微生物肥料和生物有機(jī)肥，通過豐富的有機(jī)質(zhì)和有益微生物活性，提高滲透性，提高肥料和水分保護(hù)能力。這種土壤性質(zhì)為陰，如少量未成熟的馬糞與復(fù)合微生物肥料和生物有機(jī)肥，效果更好。

砂土地應(yīng)增加生物有機(jī)肥，提高土壤有機(jī)質(zhì)含量，提高肥料保護(hù)能力。由于砂土通風(fēng)良好，土壤溫暖，有機(jī)質(zhì)易分解，施用未完全分解的有機(jī)肥受影響小于粘土地面。條件允許的地區(qū)可以種植貧瘠的綠色肥料，以改善土壤的物理和化學(xué)特性。

當(dāng)微生物菌劑被應(yīng)用到土壤中時(shí)，有益的微生物在土壤中迅速繁殖，產(chǎn)生各種對(duì)作物有益的代謝物。這些代謝物可以刺激或調(diào)節(jié)作物的生長(zhǎng)，使作物強(qiáng)壯，達(dá)到增加產(chǎn)量的目的。它不僅為作物生長(zhǎng)提供了所需的NPK和中微量元素，而且還為作物提供了有機(jī)質(zhì)和有益的微生物活性細(xì)菌。此外，微生物菌劑中的一些細(xì)菌還可以分泌一些刺激性的維生素來刺激作物的生長(zhǎng)，使作物強(qiáng)壯，改善營(yíng)養(yǎng)狀況。